Expozice je instalována v původních prostorách krypt, dnes nazývaných katakomby, a jezuitského gymnázia. Vypráví návštěvníkům příběh barokních jezuitských Klatov. Obsahuje dobové listiny, historické předměty, modely staveb či dokumentární filmy. Expozice využívá multimediálních prvků. V nově zpřístupněných částech lze vidět hrobku Koců z Dobrše, cisternu na vodu i systém spouštění rakve do původně nepřístupných krypt. Pietní prostory, kde spočívají mumifikovaná těla, doplňuje seznam pochovaných a panel s nákresem ventilačního systému.
Důmyslný ventilační systém se podílel na procesu přirozené mumifikace těl. Na začátku 20. století však byl poškozen, což zapříčinilo rozpad 140 mumifikovaných těl. Zničené mumie byly v roce 1937 pohřbeny na hřbitově sv. Jakuba v Klatovech. Dnes je ventilační systém plně obnoven a o posledních 38 mumifikovaných těl pečují konzervátoři. Na několika místech lze vidět zakončení otvorů původního barokního ventilačního systému.
