Klatovské katakomby jsou neobvyklou památkou, kterou stojí za to vidět.
Krypty pod klatovským jezuitským kostelem, který je zasvěcen Neposkvrněnému početí Panny Marie a sv. Ignáci, byly vybudovány jako součást stavby kostela v letech 1656-1676. Podle plánů stavitelů se staly pohřebištěm příslušníků jezuitského řádu a jeho dobrodinců z řad okolní šlechty a měšťanů. V letech 1676 až 1783 zde bylo uloženo k věčnému spánku více než 200 zemřelých. V roce 1784 císař Josef II. pohřbívání v kryptách z hygienických důvodů zakázal. Mezi svými bratry je zde uložen i pater Vojtěch Chanovský z Dlouhé Vsi, misionář působící v 17. století v jihozápadních Čechách, který inicioval pozvání jezuitů do Klatov.Kostel je vybudován podle typologie jezuitského kostele Il Gesu v Římě.
Krypty mají důmyslný větrací systém. Ventilačními otvory ve stěnách je nasáván studený vzduch zvenku a vertikální komíny odvádějí teplý vzduch až pod střechu kostela. Všechny komíny jsou propojeny horizontálními průduchy. Těla zesnulých byla uložena do dubových rakví na vrstvu hoblin a obložena chmelem. Přirozená ventilace v kryptách vedla k vysušení těl.
Současná expozice klatovských katakomb byla vytvořena při zásadní rekonstrukci objektu v roce 2011. Cílem projektu bylo uvedení pietní části do původního stavu, aby byly zachovány optimální klimatické podmínky pro mumie a vybudování muzejní části, která by přiblížila návštěvníkům činnost jezuitského řádu a život lidí v 18. století. Představila jezuity jako vzdělance, kteří šířili katolickou víru i evropskou vzdělanost do celého světa. Dalšími tématy výstavy bylo vzdělávání a školní divadlo, architektura jezuitských staveb, lékařství, hudba a další. Obsahovala dobové listiny a knihy, historické předměty či modely staveb. Dokumentární filmy zachytily práci konzervátorek při ošetřování mumií, které byly z důvodu rekonstrukce poprvé v historii přestěhovány mimo původní krypty. A také průběh tvorby unikátního modelu panny Anežky Kunhuty Příchovské z Příchovic.
V roce 2019 byly v expozici umístěny nové projekční plochy pro animované filmy popisující vznik jezuitského kostela v Klatovech a způsob pohřbívání v kryptách. Stavební úpravy v roce 2021 přinesly i neobyčejný objev - v jedné boční kryptě byla objevena další rakev s ostatky.
Úpravy realizované v roce 2022 se zaměřily na sjednocení témat v jednotlivých vitrínách a doplnění dalších zajímavých artefaktů. Jezuité jako vědci, misionáři, učitelé i nesmlouvaví představitelé rekatolizace v Čechách. K oživení expozice byly přidány interaktivní prvky pro děti, rozšířeny odborné texty v kioscích. Moderní projekce přibližuje významné osobnosti působící v Klatovech a zařazeny jsou další multimediální prvky
Důmyslný ventilační systém se podílel na procesu přirozené mumifikace těl. Na začátku 20. století však byl poškozen, což zapříčinilo rozpad 140 mumifikovaných těl. Zničené mumie byly v roce 1937 pohřbeny na hřbitově sv. Jakuba v Klatovech. Dnes je ventilační systém plně obnoven a o posledních 38 mumifikovaných těl pečují konzervátoři. Na několika místech lze vidět zakončení otvorů původního barokního ventilačního systému.