Využívání jaderné energetiky má v ČR má zhruba stejně zastánců jako odpůrců. Jejich spory zesílily v posledních letech kvůli jaderné elektrárně Temelín. Její příznivci se hájí tím, že Temelín bude šetrnější k životnímu prostředí než tepelné elektrárny (omezí globální oteplování), naopak temelínským odpůrcům vadí například hrozba jaderné havárie plynoucí z nevyzkoušeného spojení americké a sovětské technologie.
Z hlediska ekologie může temelínská elektrárna negativně působit na vlhkost vzduchu, na množství srážek, na počet dnů s mlhou či na snížení hodin slunečního svitu. Ze zprávy mezinárodní komise o posouzení dopadů Temelína na životní prostředí vyplývá, že vliv elektrárny na životní prostředí je nízký a přijatelný.
Zastánci jaderné energetiky argumentují úsporami vyčerpatelných surovin (hnědé uhlí, ropa) a levným provozem jaderných elektráren. Atomové elektrárny vyžadují značné investice do výstavby (u Temelína 100 miliard korun) a vysoké náklady na pozdější likvidaci stavby a reaktoru a na bezpečné uložení vyhořelého paliva. V Česku se vyhořelé jaderné palivo ukládá v dukovanském meziskladu. Podle plánu Ministerstva průmyslu a obchodu mají během několika let vzniknout další dva mezisklady.
Zahraničním odpůrcům jaderné energetiky, jimiž jsou vedle ekologických hnutí především rakouská a nověji i německá vláda, vadí údajné nedostatečné technické zabezpečení Temelína a z toho vyplývající reálné riziko jaderné havárie. Poukazují přitom na nebezpečí nevyzkoušeného spojení americké a sovětské technologie. Podle tiskového mluvčího ČEZ Ladislava Kříže podobné spojení existuje například ve finské Loviise, kde sovětské reaktory VVER 440 (shodné s Dukovany a Temelínem) jsou ovládány řídicím systémem od Siemensu. Přitom finská jaderná elektrárna spolehlivě funguje již přes 20 let.
V neposlední řadě temelínští odpůrci poukazují na ekonomické aspekty. Podle jejich argumentů jsou v současné době na domácím i evropském trhu přebytky proudu, takže cena za temelínskou elektřinu by musela klesnout příliš nízko, aby se dala prodat. Kříž oponuje tím, že po roce 2010 budou v Česku postupně dosluhovat odsířené uhelné elektrárny, které bude nutno nahradit.