Expozice je instalována v původních prostorách krypt a jezuitského gymnázia. Vypráví návštěvníkům příběh barokních jezuitských Klatov. Obsahuje dobové listiny, historické předměty, modely staveb či dokumentární filmy. Využívá i multimediálních prvků. V pietní prostorech spočívají mumifikovaná těla.