Přírodní rezervace Černé a Čertovo jezero byla vyhlášena v roce 1911 – v podvečer 100. výročí je ochrana tohoto skvostu šumavské krajiny opět potvrzena. Po několikaletém projednávání vyhlásilo Ministerstvo životního prostředí ČR (Vyhláška 326/2010) tuto přírodní rezervaci znovu, a to v mírně rozšířené podobě. Ministerstvo ji zařadilo do kategorie „národní přírodní rezervace“, jde tedy o území s hodnotami, které je nezbytné v národním i evropském měřítku považovat za jedinečné.
Národní přírodní rezervace Černé a Čertovo jezero je ve správě Lesů ČR, s.p., Lesní správy Železná Ruda, státní správu ochrany přírody zde vykonává Správa NP a CHKO Šumava.
„Předmětem ochrany jsou přirozená lesní společenstva horských smrčin, kyselých bučin, ledovcových karů, sutí, balvanitých polí a stojatých vod ledovcových jezer, dále vzácné druhy rostlin a živočichů, zejména jedinečné vodní rostliny šídlatky jezerní, nebo oblasti s trvalým výskytem tetřeva hlušce, či sokola stěhovavého. Rozšíření rezervace bylo motivováno zejména zajištěním ochrany celých ledovcových karů a jejich ekosystémů,“ řekl náměstek ředitele a vedoucí sekce Správy CHKO Šumava Pavel Hubený.
Rozloha Národní přírodní rezervace Černé a Čertovo jezero se zvýšila z původních 186 ha na 208 ha, z toho lesní půda pokrývá téměř 179 ha. Zbytek jsou vodní plochy obou ledovcových jezer.
„Nově vyhlášená národní přírodní rezervace nabyla účinnosti 15.12. 2010,“ dodal Pavel Hubený.