Přesně jeden rok v pondělí uplynul od znovuotevření klatovských katakomb. Od 26. listopadu 2011, kdy byly katakomby slavnostně otevřeny, navštívilo tyto unikátní prostory na 50 tisíc návštěvníků. „Z našeho pohledu je projekt Klatovské katakomby 2010 nesporně úspěšným. Dostalo se mu pozitivního hodnocení nejen ze strany veřejnosti, ale i odborníků. Klatovské katakomby se staly Stavbou roku 2011 Plzeňského kraje v kategorii rekonstrukcí. Projekt je také absolutním vítězem 5. ročníku celostátní soutěže Má vlast v srdci Evropy organizovaného Památkovou komorou pod záštitou Ministerstva kultury ČR,“ hodnotí projekt Ing. Václav Chroust, místostarosta města Klatovy a předseda sdružení Klatovské katakomby.
Na rekonstrukci katakomb a vytvoření nové expozice bylo vynaloženo 23 186 tis. Kč. Dotace z Evropského fondu pro regionální rozvoj (ROP Jihozápad) uhradila 17 326 tis. Kč, v rámci vlastních zdrojů poskytlo sdružení Klatovské katakomby 5 859 tis. Kč a město Klatovy 3 500 tis. Kč. Samostatnou kapitolou projektu bylo vybudování nového spojovacího můstku (prampouchu), navrženého architektkou Evou Jiřičnou, mezi bývalou jezuitskou kolejí a bývalým jezuitským gymnáziem, které si vyžádalo 3,1 mil. Kč. Tato stavba byla realizována v rámci projektu, byla však následně prodána městu Klatovy.
„Koncem září 2012 jsme, díky doúčtování dotace, splatili celý úvěr na realizaci projektu. Jsme rádi, že jsme mohli městu Klatovy a místní římskokatolické farnosti (tj. ručitelům úvěru) předat oznámení banky o tom, že úvěr je plně uhrazen a že končí ručení, které sdružení Klatovské katakomby poskytli,“ dodává Václav Chroust.
Projekt byl připravován v letech 2009 a 2010. Jeho cílem byla obnova původní funkce ventilačního systému, rekonstrukce krypt tak, aby mohly být nejen důstojným pohřebištěm pro mumifikované ostatky 38 lidí, ale aby vznikly i prostory vhodné k vytvoření expozice o barokních jezuitských Klatovech. Součástí projektu byla i re-konzervace ostatků, která zabránila jejich hrozící zkáze.
Krypty pod kostelem zasvěceným Neposkvrněnému početí Panny Marie a sv. Ignácovi, byly vybudovány v letech 1656 až 1676. Staly se pohřebištěm příslušníků jezuitského řádu a jeho dobrodinců z řad místní šlechty, vojska a měšťanů. V letech 1676 až 1783 sem bylo uloženo více než 200 zemřelých. V roce 1784 Josef II. zakázal pohřbívání v kryptách, a tak posledním zde pohřbeným se stal v roce 1783 Antonín Weichs. Zřejmě nejznámějším z pohřbených je Pater Adalbert Chanovský z Dlouhé Vsi, misionář působící v jihozápadních Čechách v první polovině 17. století. Těla položená na hoblinách v dubových rakvích byla obložena chmelem. Působením vzduchu vedeného do krypt důmyslným systémem větracích kanálů došlo k jejich mumifikaci tak, že dnes váží 8 až 10 kg. Větrací systém, jež ústil na střeše kostela, zajišťoval stálou teplotu a vlhkost vzduchu. Po dlouhá léta byla těla prakticky nedotčena. Při opravě střechy kostela ve 30. letech minulého století zasypali dělníci stavebním odpadem větrací šachty. Tím se zcela změnilo prostředí v kryptách a převážná část mumií se rozpadla. Celkem 140 zničených mumií bylo pohřbeno do hromadného hrobu na hřbitově sv. Jakuba v Klatovech.
