Program revitalizace mokřadů a rašelinišť je na území NP Šumava realizován od roku 1999. Jeho hlavním cílem je záchrana unikátních rašelinišť, která byla v minulosti poškozena činností člověka, zejména při budování odvodňovacích kanálů. Současně je řešena i celková náprava narušeného vodního režimu v krajině.
V rámci revitalizačního programu jsou odvodňovací rýhy přehrazovány a zasypávány tak, aby postupně zarostly vegetací a zmizely z krajiny. Zablokování odvodňovacích kanálů je hlavním opatřením, neboť zvedá hladinu podzemní vody a obnovuje přirozené podmínky na rašeliništi. Dochází k opětovnému zavodnění rašeliniště a oživení jeho činnosti. Vzhledem ke snadné zranitelnosti rašeliništních biotopů jsou veškeré práce prováděny ručně bez použití těžké techniky.
Součástí revitalizačního programu jsou i akce pro veřejnost, kdy se do revitalizačních projektů mohou zapojit dobrovolníci. Hlavní myšlenkou těchto akcí je poskytnout návštěvníkům Šumavy a místním obyvatelům možnost bezprostředně se zúčastnit záchrany rašelinišť a také se o nich leccos nového a zajímavého dozvědět. Příkladem jsou pravidelné Dny pro rašeliniště. V rámci těchto jednodenních akcí jsou prováděny řemeslně méně náročné práce, které navazují na realizaci vlastních revitalizačních projektů. Většinou se jedná o podporu zazemnění již zablokovaných rýh, nebo o pomoc při transportu materiálu do špatně přístupných oblastí.
V současné době bylo na území NP Šumava revitalizováno již téměř 500 ha rašelinišť. Ve svém důsledku to znamená téměř 60 km přehrazených odvodňovacích rýh, z nichž některé byly až 4m široké a přes 2m hluboké. V roce 2013 byly zasypávány kanály v oblasti Rokyteckých slatí, Luzenského údolí, na Soumarském Mostě a na rašeliništi Nad Rybárnou. Celkem bylo v roce 2013 zasypáno 3,3 km odvodňovacích kanálů. Pro období 2013-2015 Správa NP Šumava připravila projekty revitalizace rašeliniště Černohorský močál II a Rašeliniště na Zhůřském potoce, které by mohly být financovány z evropských fondů (dotační titul OPŽP) .
Proces obnovy revitalizovaných rašelinišť je v území podrobně sledován v rámci dlouhodobého monitorovacího programu, díky kterému je možné vyhodnotit úspěšnost prováděných revitalizací. Získané výsledky monitoringu dokládají příznivý dopad revitalizací na vodní režim. Na některých lokalitách se již projevuje pozitivní vliv provedených opatření na obnově vzácné rašeliništní vegetace a druhů.
