Program revitalizace mokřadů a rašelinišť je na území NP Šumava realizován od roku 1999. Jeho hlavním cílem je záchrana unikátních rašelinišť, která byla v minulosti poškozena činností člověka, zejména při budování odvodňovacích kanálů. Současně je řešena i celková náprava narušeného vodního režimu v území. Důraz je kladen zejména na podporu zadržování vody v krajině a zmírnění odtoků při extrémních srážkách.
V rámci revitalizačního programu jsou odvodňovací rýhy přehrazovány a zasypávány tak, aby postupně zarostly vegetací a zmizely z krajiny. Zablokování odvodňovacího systému je klíčovým opatřením, neboť zvedá hladinu podzemní vody na původní úroveň a obnovuje podmínky na rašeliništi blízké přirozenému stavu. Tím dochází k oživení činnosti rašeliniště, které pak samovolně regeneruje.
Při vlastní realizaci revitalizačních projektů Správa NPŠ spolupracuje s místními firmami a subjekty v regionu. Technicky nejnáročnější opatření spojená se zablokováním kanálů dřevěnými hrázemi jsou prováděna formou subdodávky skupinami řemeslníků. Vzhledem ke snadné zranitelnosti rašeliništních biotopů jsou prakticky veškeré práce včetně instalace hrází a transportu materiálu prováděny ručně bez použití těžké techniky.
Součástí revitalizačního programu jsou i akce pro veřejnost, kdy se do revitalizačních projektů mohou zapojit dobrovolníci. Hlavní myšlenkou těchto akcí je poskytnout návštěvníkům Šumavy a místním obyvatelům možnost bezprostředně se zúčastnit ochrany unikátních částí šumavské přírody, a také se o nich leccos nového a zajímavého dozvědět. Příkladem jsou pravidelné Dny pro rašeliniště. V rámci těchto jednodenních akcí jsou prováděny řemeslně méně náročné, nicméně velmi potřebné práce, které doplňují a navazují na realizaci vlastních revitalizačních projektů. Většinou se jedná o podporu zazemnění již zablokovaných rýh, nebo o pomoc při nošení materiálu pro instalaci hrází do vzdálených a špatně přístupných oblastí. Nepracuje se celý den, odpoledne se zpravidla všichni zúčastnění vydají do zajímavých a nepříliš známých koutů šumavské přírody. Tyto exkurze jsou s výkladem a jsou zaměřeny nejen na rašeliniště, ale i na přírodu a její ochranu na Šumavě vůbec. V letošním roce se v rámci Dnů pro rašeliniště prováděla revitalizační opatření v oblasti Cikánských slatí, Schachtenfilz a Rybárenských slatí. V současné době bylo na území NP Šumava revitalizováno již přes 400 ha rašelinišť. Ve svém důsledku to znamená téměř 60 km přehrazených odvodňovacích rýh, z nichž některé byly až 4m široké a přes 2m hluboké. Při revitalizacích se logicky postupuje od pramenných oblastí k níže položeným částem povodí. Nejvíce revitalizovaných ploch se dnes nachází v oblasti Modravských slatí, kde jsou již téměř hotovy revitalizace nejvýše položených partií. První revitalizace však byly provedeny i v údolní nivě Vltavy u Volar. V roce 2010 byly dokončeny práce na Černohorském močále a byla prováděna opatření na podporu zazemnění přehrazených rýh na lokalitách Schachtenfilz a Nad Rybárnou.
Proces obnovy revitalizovaných rašelinišť je v území podrobně sledován v rámci dlouhodobého monitorovacího programu, díky kterému je možné vyhodnotit úspěšnost prováděných revitalizací. Získané výsledky monitoringu dokládají příznivý dopad revitalizací na vodní režim. Na některých lokalitách se již projevuje pozitivní vliv provedených opatření i na složení cenných společenstev rostlin.
V současné době jsou připraveny projekty revitalizace rašelinišť na Zhůřském potoce, Ptačím potoce a lokality Rokytecké slatě. Správa NPŠ se pokusí zajistit financování těchto projektů z dotačních prostředků EU.
