Mezi vedením Vězeňské služby ČR a ministerstvem spravedlnosti vznikl další konflikt poté, co v jejím rámci vznikly dvě speciální zásahové jednotky. Podle náměstka ministra spravedlnosti pro vězeňství Vladimíra Zimmela tím ale generální ředitel Vězeňské služby Pavel Ondrášek překročil své pravomoci. Mezi resortem a vedením věznic dlouhodobě panují vyostřené vztahy.