Rekonstrukce Františkánského kláštera byla zahájena v roce 1996, kdy se opravil noviciát a posléze celé západní křídlo včetně interiéru. Tato etapa rekonstrukce skončila v roce 1999 vybudováním Diecézního muzea a pro nedostatek financí byly práce přerušeny.
V loňském roce byla rekonstrukce Františkánského kláštera zařazena do Programu záchrany architektonického dědictví a Ministerstvo kultury ČR uvolnilo na letošní rok 1milión 800 tisíc korun. Město Plzeň k tomu přidalo 1 milión korun. Mohla tedy začít druhá etapa rekonstrukce, která v tomto roce představuje opravu střechy nad východním křídlem kláštera.
Další postup oprav opět záleží na finančních možnostech. Protože klášter patří k významným pamětihodnostem města, jedná se také o dalším možném využití jeho prostor.
